精在内丹中被分为先天精与后天精两种，先天精也被称为“元精”、“真精”、“先天至阳之精”，被认为是禀受于父精母血、对生命盛衰具有决定性的先天遗传性生命物质，常被内丹家称为“至药”、“真药”等。

后天精又被称为“浊精”、“生殖精”等，是靠后天水谷等营养运化而成，其功能是维护生命活动与繁衍后代。就先天精与后天精的关系而言，内丹家一般认为它们相互依存促进，后天精以先天精为本，先天精以后天精为养。

而且它们原本为一物，先天精因性欲发动而施泻变为后天精，不因性欲发动而充固于内则不变。丹经《石函记》说：“元阳即元精，发生于玄玄之际，元精无形，寓于元气之中。若受外感而动，与元气分判，则成凡精。”明代陈眉公《宝颜堂秘笈》说：“精在先天时，藏于五脏六腑，氤氲而未成形，后天之念一动，则成为后天之精。”

由上述可知，无论先天精，还是后天精，都是人自身所禀有的生命物质，它在现代身心论的划分中，是属于身的一部分，而且是很特殊的一个部分。

在内丹的具体实践中，是以固后天精以产先天精。炼“精”之“精”一般都是指先天精，如《金丹大要》说：“须此先天地之精属阳，圣人修炼已为金丹者，此也。”又如柳华阳《金仙证论》说：“仙道炼元精为丹。凡炼丹下手之仙机，即炼肾中之元精。”这些都表明，内丹之炼精，是炼身中的生命物质。

内丹之炼气，一般指先天之气即的修炼。亦有多种称呼，如“元?”、“纯阳之”等。它一般认为是从精中产生出来的，如伍冲虚《天仙正理直论增注·自序》说：“修仙者必用精?神三宝，此言只神？二者，以精在中，精本是一故也。”《金丹大要》说：“精与相养，聚则精盈，精盈则?盛。”这说明精?一体，但精为本，为用。

《天仙正理真论增注》云：“?者，先天即肾中真阳之精也。人从此?以得生，亦修此?而长生。唯用修而得长其生，故称修命。”之用，又表现在给生命以动力和生机，它主藏于肾，张伯端《青华秘文》说：“元气之生，周流乎身，而独肾府采而用之者，何也?夫肾府路径，直达气穴黄庭者，一也。肾为精府，精至，直引精华而用之，二也。周流于他处则难觅，至精府而可识，三也。心气透肾，意下则直至，采之者易为力，四也。

此四者，故采真阳于肾府。”故内丹之亦指一种生命物质和一种生命能量，它之盛衰决定着生命的盛衰。炼亦是修炼身之生命物质。

神在内丹中亦有先、后天的分别。先天之神一般称为“元神”、“真性”等，是先天具备的灵性本体；后天之神一般被称为识神或欲神等，是后天习得的思维能力、情志、欲望等。

从丹理讲，人的先天元神是空灵清明的，人从母腹中降生后，它便逐渐为后天识神所蒙蔽污染，失去其灵性的光辉，致使生命衰弱死亡。人只有通过自觉而艰苦的内丹修炼，才能还归元神灵性，达到还虚成仙。

《青华秘文》讲得很清楚：“夫神者，有元神焉，有欲神焉。元神者，乃先天以来一点灵光也。欲神者，气禀之性也。元神者，先天之性也。形而后有气质之性，善反之，则天地之性存焉。自为气质之性所蔽之后，如云掩月。……一旦返之矣，自今以往，先天之气纯熟，日月常行，无非本体矣。此得先天而制后天，而为之用也。”

《性命圭旨》亦提出同样的见解：“心也者，人之丹也，物而霾之，则心不丹。故炼丹也者，炼去阴霾之物，以复其心之本体，天命之性自然也。”

这里的心之本体，就是指的元神。由是可见，内丹关于神的观念，用现代的眼光来审视，是指人的情志、心智等内容。炼神，就是心理的修炼：(按荣格的见解，元神相当于现代心理学中的集体无意识)。

从以上内丹把精气神作为修炼药物的具体分析中不难看出，精与气是属于生理的范畴，神是属于心理的范畴，所以内丹修炼的确是身心俱炼，其药物精气神缺一不可，这是内丹修炼的第一个基本原则，亦是内丹修炼人之心理的第一个基本原则。

内丹家们还用更为简洁的语言表达了这种思想，就是性命双修。不管是先性后命的北宗，还是先命后性的南宗，或是别的什么内丹大派，都强调既要修命，又要修性。性与命，简明地说，就是心身。

《天仙正理直论增注》说：“元神本性，主宰乎性命而双修。始而欲了命为长生超劫之基，则以性而配命为修，固双修之一机。终也欲了性为长生超劫运之性，则以长生之命配性而为修，亦此双修之一机也。”

《重阳真人授丹阳二十四诀》说：“性者是元神，命者是元气，名曰性命也。”所以，内丹的心理修炼与它的生理修炼是不可分割的两个环节。无论先修心理还是先修生理，都不可以单一地修炼。因此，内丹心理修炼的第一个原则就是不能离开生理的修炼来单独修心理。虽然北宗邱处机曾言其道为“三分命功，七分性学”，王重阳亦言“主者是性，宾者是命”，但都没有放弃对命功的修炼。